Das IOW betreibt die Messstation Arkona-Boje im Auftrag des BSH. Sie ist seit 2004 an der Position 54°53' N, 13°52' O (nordöstlich von Rügen) verankert. Aufgrund der beabsichtigten weiteren Ausweisung von Eignungsflächen für Offshore-Windparks im Bereich des Arkona-Beckens der Westlichen Ostsee durch die Bundesrepublik Deutschland in der ausschließlichen Wirtschaftszone müsste künftig die Messstation Arkona-Boje des MARNET verlegt werden.

Mit Hilfe hochgenauer multi-dekadischer Modellsimulationen soll überprüft werden, ob eine räumliche Verlagerung der Station an einen alternativen Messstandort eine dem jetzigen Standort vergleichbare Information über zeitliches Auftreten, räumliche Ausbreitung und einströmende Mengen von Nordseewasser ermöglicht.

Die mit Hilfe der Arkona-Boje gewonnene Langzeit-Datenreihe von Einstromereignissen salzigen und sauerstoffhaltigen Nordseewassers in die Ostsee hat national und international eine große Bedeutung. Die genaue Kenntnis dieser Ereignisse ist für die Bewertung des physikalischen, chemischen und biologischen Zustands der Ostsee im Bereich des Arkona-Beckens und der östlich davon liegenden Seegebiete von essentieller Bedeutung. Die Ergebnisse dienen dem internationalen Übereinkommen zum Schutz der Ostsee HELCOM sowie der Erfüllung der EU-Richtlinien WRRL und MSRL.